Die Burg Kumamoto in der gleichnamigen Stadt gehört neben der Burg Himeji und der Burg Matsumoto zu den drei bedeutendsten Burgen des Landes. Bei dem schweren Erdbeben am 14. April 2016 erlitt die Burganlage massive Schäden.
Die Burg Kumamoto wurde von 1601 bis 1607 unter dem Fürsten Kato Kiyomasa erbaut, von dem man sagte, er verstehe sich besonders auf den Bau von Burganlagen. Auf dem Gelände befanden sich bereits zwei kleinere Burgen, welche in die neue Anlage integriert wurden.
Im Zuge der Meiji Restauration und der damit verbunden Satsuma Rebellion wurde die Burg 1877 belagert, wobei der Bergfried und weitere Teile der Anlage durch Feuer zerstört wurden. Ab 1960 wurden einige der beschädigten Gebäude wieder neu aufgebaut, eine Besonderheit ist dabei der 2008 aufwändig wieder erbaute Honmaru Goten Palast, welcher in Anlehnung an das zerstörte Original und zum 400. Jubiläum der Burg errichtet wurde.
Beim Erdbeben 2016 wurden Teile des Bergfriedes, der Burgmauern und weitere Gebäude teilweise stark beschädigt. Die aufwändigen Renovierungen werden voraussichtlich noch bis 2036 andauern. Dennoch kann die Burg Kumamoto wieder besucht werden, hierfür wurde extra eine Art Brücke errichtet, auf denen Besucher die Burganlage betreten und überblicken können.